僭晉司馬叡賨李雄
司馬德宗即位為晉安帝，改年號為隆安。司馬德宗授予司馬道子以太傅、揚州牧、中書監等職，加賜特殊的禮儀，其儀仗有黃鉞、羽葆、鼓吹等，又增賜衛士一百人入殿。不久，朝廷內外各種事務都必須首先經過司馬道子之手。尚書仆射王國寶輕薄無德行，被道子當作親信，他的權勢顯赫，震懾京城建業，竟然擅自把禁衛東宮的士卒用來配備自己的私府。司馬道子任用王緒為輔國將軍、琅邪內史，又擅自兼並守衛石頭城的軍隊，把他們屯駐在建業城。王緒還兼任他的從事中郎，在中樞部門主事，倍受寵幸而主持朝政。

僭晉司馬叡，字景文，晉將牛金子也。初晉宣帝生大將軍、琅邪武王伷，伷生冗從仆射、琅邪恭王覲。覲妃譙國夏侯氏，字銅環，與金奸通，遂生叡，因冒姓司馬，仍為覲子。由是自言河內溫人。初為王世子，又襲爵，拜散騎常侍，頻遷射聲、越騎校尉，左、右軍將軍。從晉惠帝幸臨漳，其叔繇為成都王潁所殺，叡懼禍，遂走至洛，迎其母俱歸陳國。
司馬德宗屬下的兗州刺史王恭向來憎惡王國寶、王緒這一幫人擾亂朝政，就約荊州刺史殷仲堪到期同時舉事。王恭上奏表給司馬德宗說：“王國寶犯有滔天大罪，我恭敬地向陛下陳述他的罪狀。前任荊州刺史王悅，是王國寶的同胞兄弟。王悅在西藩任上，不幸喪亡。國寶向陛下告假奔喪，卻遲遲不願上路，禦史台對此事進行糾察，他害怕獲罪黜免，就改換衣服冠帽，偽裝成婦人，與婢女同坐一車，到相王司馬道子那裏求情。再則先帝暴崩之時，朝廷上下莫不驚哭，但國寶若無其事，絲毫不見悲哀之貌，並且潛入宮中，謀求施行奸計，想要詐稱聖上遺詔，偽造皇帝璽印。事實昭著在外，上下莫不知曉。先前讒言離間王繤、王瑉兄弟，使二者不和勝過仇敵；後又樹立私黨，遍及朝廷官府。侵吞軍隊物資儲備，據為私人財產；公然賣官鬻爵，威勢恣肆於天下。網羅不得誌者，招集亡命之徒。輔國將軍王緒凶狂狡詐，為人所不齒，二人狼狽為奸，共同竊居要位。彼等自知惡貫滿盈，人鬼都為之怨憤，就圖謀背叛朝廷，廢毀天下。昔日趙鞅興晉陽之甲，鏟除君側之惡，我雖拙笨愚劣，豈敢忘卻這個道理。”王恭的表章送到朝廷，司馬道子得知以後就密謀要討伐王恭，任司馬元顯為征虜將軍，令內外各路軍隊暗中嚴加防備。但王國寶惶恐畏懼，不知道怎麼行事，就派出數百人守衛竹裏，夜晚遇到大風大雨，將士各自奔散而回。王緒勸說王國寶殺死王繤，然後出兵南征北伐，王國寶不聽，反而向王繤征求對策。不久王國寶恐懼過度，就向朝廷上表請求免去自己的官職。沒過多久他又畏懼而反悔，就詐稱司馬德宗有詔令其官複原職。司馬道子既不能抵抗王恭等人的軍隊，又想要借此而推卸自己的罪責，就把王國寶逮捕起來交付廷尉處死，又斬王緒於市，以取悅於王恭等人。司徒左長史王廣欽因為母親亡故而在吳郡服喪，王恭就授予他吳國內史之職。王廣欽就征集動用吳興等各郡的兵卒。王國寶被處死之後，王恭要王廣欽仍回家服喪。王廣欽認為這是一次極好的機遇，可以實現自己的意願，於是就占據吳郡，派遣自己的子弟率兵攻擊王恭。王廣欽以女兒為真烈將軍，也設置各種文武官員，領兵自衛。王恭派司馬劉牢之前往征討，平定了王廣欽。

東海王越收兵下邳，假叡輔國將軍。越謀迎惠帝於長安，複假叡平東將軍、監徐州諸軍事，使鎮下邳。尋加安東將軍、都督揚州諸軍事、假節，當鎮壽陽，且留下邳。及越西迎惠帝，留叡鎮後，平東府事。當遷鎮江東，屬陳敏作亂，叡以兵少因留下邳。永嘉元年春，敏死，秋，叡始到建業。五年，進鎮東將軍、開府儀同三司，又以會稽戶二萬增封，加督揚、江、湘、交、廣五州諸軍事。六月，王彌、劉曜寇洛陽，懷帝幸平陽，晉司空荀蕃、司隸校尉荀組推叡為盟主。於是輒改易郡縣，假置名號。江州刺史華軼、北中郎將裴憲並不從之。憲自稱鎮東將軍、都督江北五郡軍事，與軼連和。叡遣左將軍王敦、將軍甘卓、周訪等擊軼，斬之。憲奔於石勒。六年，叡檄四方，稱與穆帝俱討劉淵，大會平陽。
司馬德宗屬下譙王司馬尚之兄弟又去遊說司馬道子，認為當前各地藩鎮勢力強盛，而朝廷宰相權勢薄弱，應當暗地裏樹置朋黨，作為保衛自己的屏障。司馬道子同意他們的看法，就分派自己的心腹之人，占據許多位置重要的州郡，從此內外騷動不得安寧。王恭深恐發生禍害，再次秘密相約殷仲堪、西中郎將庾楷、廣州刺史桓玄按期舉兵同會於京都建業。桓玄等人立即響應。王恭向朝廷上表，向各地傳檄，以討伐江州刺史王愉、司馬尚之作為起兵的事由。殷仲堪派龍驤將軍、南郡相楊亻全期率水師五千人從江陵進發，桓玄向殷仲堪借兵，殷仲堪也借給他五千兵馬。於是，司馬德宗采取了嚴密的防衛措施：給司馬道子加賜黃鉞；派右將軍謝琰領兵抵抗王恭等人；任司馬元顯為征討都督，率領眾軍作後續相繼進發；令前軍王王旬率領中軍府的部隊駐紮在京都北郊；任司馬尚之為豫州刺史，率領其弟司馬恢之、司馬允之向西討伐庾楷等人。所有各部都令人舉著白虎幡走在前列。王恭派劉牢之為前鋒，駐紮在竹裏。當初，司馬道子圖謀除掉王恭，曾許以重賞收買了劉牢之，劉牢之就殺了王恭的別帥顏延和他的弟弟顏強，把兩個人的首級送給謝琰。謝琰與劉牢之同時襲擊王恭，王恭被打敗逃往曲阿，被湖浦軍尉拿獲，解送到建業。司馬尚之與庾楷之子庾鴻在牛渚交戰，斬殺了庾鴻的前鋒將領殷萬，庾鴻隻得逃回到曆陽。司馬尚之還是不敢渡水作戰。桓玄、楊亻全期等突然到達橫江，司馬尚之引兵退走，司馬恢之所率領的軍隊全部覆沒。桓玄等人徑直到達石頭城，殷仲堪所部繼而進到蕪湖，建業受到威脅，京城震駭。司馬道子在倪塘把王恭處斬。桓玄等人無心戀戰，於是退兵回到尋陽。

建興元年，晉湣帝以叡為侍中、左丞相、大都督、陝東諸軍事，持節、王如故。叡改建業為建康。七月，叡以晉室將滅，潛有他誌，乃自大赦，為大都督、都督中外諸軍事，又為丞相。叡號令不行，政刑淫虐，殺督運令史淳於伯，行刑者以刀拭柱，血流上柱二丈三尺，僅頭流下四尺五寸，其直如弦。時人怨之。
這一年冬天，司馬德宗派遣使者來大魏朝貢，並請求派軍隊前去討伐姚興。第二年夏天，司馬德宗又派使者前來朝貢。

平文帝初，叡自稱晉王，改元建武，立宗廟、社稷，置百官，立子紹為太子。叡以晉王而祀南郊。其年，叡僭即大位，改為大興元年。其朝廷之儀，都邑之製，皆準模王者，擬議中國。遂都於丹陽，因孫權之舊所，即禹貢揚州之地，去洛二千七百裏。地多山水，陽為攸居，厥土惟塗泥，厥田惟下下，所謂“島夷卉服”者也。《周禮》，職方氏掌天下之地，辨其邦國都鄙，四夷、八蠻、七閩、九貉、五戎、六狄之人民與其財用、九穀、六畜之數要，周知其利害。東南曰揚州，其山鎮曰會稽，其藪澤曰具區，其川三江，其浸五湖，其利金錫竹箭，其民二男五女，其畜宜鳥獸，其穀宜稻。春秋時為吳越之地。吳越僭號稱王，僻遠一隅，不聞華士。楚申公巫臣竊妻以奔，教其軍陣，然後乃知戰伐。由是晚與中國交通。俗氣輕急，不識禮教，盛飾子女以招遊客，此其土風也。戰國時則並於楚。故地遠恃險，世亂則先叛，世治則後服。秦末，項羽起江南，故衡山王吳芮從百越之兵，越王無諸身率閩中之眾以從，滅秦。漢初，封芮為長沙王，無諸為閩越王，又封吳王濞於朱方。逆亂相尋，亟見夷滅。漢末大亂，孫權遂與劉備分據吳蜀。權阻長江，殆天地所以限內外也。叡因擾亂，跨而有之。中原冠帶呼江東之人，皆為貉子，若狐貉類雲。巴、蜀、蠻、獠、溪、俚、楚、越，鳥聲禽呼，言語不同，猴蛇魚鱉，嗜欲皆異。江山遼闊將數千裏，叡羈縻而已，未能製服其民。有水田，少陸種，以罟網為業。機巧趨利，恩義寡薄。家無藏蓄，常守饑寒，地既暑濕，多有腫泄之病，障氣毒霧，射工、沙虱、蛇虺之害，無所不有。叡割有揚、荊、梁三州之土，因其故地，分置十數州及諸郡縣，郡縣戶口至有不滿百者。
司馬德宗授任司馬元顯為揚州刺史。司馬道子有病，元顯生怕自己不能承襲他的職位，就偽造旨意擅自就任，而道子卻毫無所知。等到他病愈之後，得知此事大怒，由於司馬元顯已受任，也就不再改正過來，從此朝廷內外一切政事都由司馬元顯裁斷。司馬道子一向嗜酒，治理政務的時間非常少，到這時更是無事可做，就以白晝當作夜晚，隻顧飲酒。當時人們都說道子是東尚書，元顯是西尚書，西府門第車馬繁雜，東邊府第則門可羅雀。司馬元顯年輕氣盛，一時間位尊權重，更加驕奢淫暴，於是遠近的人都背地裏譏諷、指責他。

遣使韓暢浮海來請通和。平文皇帝以其僭立江表，拒不納之。
當初，司馬德宗所屬新安太守孫泰因以旁門左道惑眾而被誅戮，他的侄子孫恩逃竄到東海島上，許多妖黨都追隨他，到這時孫恩就糾集妖眾，進攻上虞，殺死縣令，率其部下一百人左右徑直奔向山陰。會稽內史王凝之信奉五鬥米道，孫恩將要到來，他沒有事先派軍隊抵抗，而是在道人所居之室跪拜禱告，口裏不斷念著咒語，向空中指指劃劃，好像是在囑托什麼事情。王凝之的下屬都勸他討伐孫恩，王凝之卻說：“我已經祈請大師發兵，凡是各處渡口要道都各有數萬人馬。”直到孫恩逼近，他才聽從部屬意見派兵抵禦。及至軍隊剛剛出動，孫恩率人已經到了跟前。王凝之戰敗，狼狽逃跑，過了一夜就被孫恩捕獲。十天之內，孫恩聚集部眾數萬人，自號平東將軍，強迫當地名士接受偽職。於是，各郡的人被妖術蠱惑，一齊殺死太守縣令而響應孫恩，一時間妖眾雲集。吳國內史桓謙逃走，吳興太守謝邈被害。

是時叡大將軍王敦宗族擅勢，權重於叡，迭為上下，了無君臣之分。叡侍中劉隗言於叡曰：“王氏強大，宜漸抑損。”敦聞而惡之。惠帝時，叡改年曰永昌。昌敦先鎮武昌，乃表於叡曰：“劉隗前在門下，遂秉權寵。今輒進軍，指討奸孽，宜速斬隗首，以謝遠近。朝梟隗首，諸軍夕退。昔太甲不能遵明湯典，顛覆厥度，幸納伊尹之訓，殷道複昌，頗智故有先失後得者矣。”敦又移告州郡，以沈充為大都督，護東吳諸軍。叡乃下書曰：“王孰恃寵，敢肆狂逆，方朕於太甲，欲見囚於桐宮。是可忍也，孰不可忍也！今當親帥六軍，以誅大逆。”叡光祿勳王含率其子瑜以輕舟棄叡，歸於武昌。叡以其司空王導為前鋒大都督，尚書陸曄為軍司；以廣州刺史陶侃為江州，梁州刺史甘卓為荊州，使其率眾掎躡敦後；以太子右率周莚率中軍三千人討沈充。敦至洌州，表尚書令刁協黨附，宜加誅戮。叡遣右將軍周劄戍於石頭，劄潛與敦書，許軍至為應。敦使司馬楊朗等入於石頭，劄見敦。朗等既據石頭，叡征西將軍戴淵、鎮北將軍劉隗率眾攻之，戴淵親率士，鼓眾陵城。俄而鼓止息，朗等乘之，叡軍敗績。隗、協入見叡，叡遣其避禍，二人泣而出。隗還淮陰，後奔石勒。協奔江乘，為敦追兵所害。叡師敗。
自從司馬德宗即位以來，其朝廷內外乖迕叛逆，石頭城以外都被荊州、江州刺史把持，長江以西的地方則受命於豫州刺史，京口以至長江北部都被兗州刺史劉牢之等人所挾製，司馬德宗的政令，隻有三吳之地可以推行而已。孫恩既然作亂，江南八郡全都淪為賊寇的地盤，直到丹陽各縣，處處都是賊寇蜂起，建業城變得衰弱不堪。而且被妖術蠱惑之徒，大多潛伏在各個都邑，百姓人人危懼，常常擔心被妖眾竊據。於是各部軍隊嚴加防衛，劉牢之聯合衛將軍謝琰共同討伐賊寇。賊眾根本不執行禁令，肆意搶劫殺戮，士民百姓被殺害的不計其數，有的縣令被賊人剁成肉醬強逼他的妻兒吃，不肯吃的人就被拿去肢解，賊寇的暴虐竟至如此。驃騎長史王平之死後尚未埋葬，孫恩就打開棺材把屍體燒掉，用他的頭骨當作大小便的器具。劉牢之率軍征討把他們打敗。謝琰率軍將要到達吳興，賊徒聞風逃走，驅趕強逼士民百姓，逃到山陰。被諸妖眾踐踏的家中，婦女受害尤甚，凡是沒有跟他們走的，就把她的嬰兒盛妝打扮投進水中，並且說：“祝賀你先登上仙堂，我不久就會來找你的。”賊寇被驅趕走散之後，各地城邑房屋都被焚毀，隻是在城外偶爾能見到人跡，過了一個多月才漸漸有人回來。謝琰屯兵留守烏程，派他的部將高素協助劉牢之。劉牢之率領眾軍渡過長江。起初，孫恩聽說八郡的人都響應他，就對他屬下的官員說道：“天下從此不會再有什麼事了，我當與各位穿上朝服而進入建業城。”後來聽說劉牢之的軍隊到達長江，又對他們說：“我割據浙江，也不失為做又一個勾踐。”不久得知劉牢之已經渡江，他就說：“我並不以逃跑為恥。”於是就逃走了。孫恩逃跑時令人沿路丟棄許多珍寶財物，劉牢之的將士見了就爭著拾取，不能窮追賊軍。

敦自為丞相，武昌郡公，邑萬戶，朝事大小皆關諮之。敦收戴淵及叡尚書左仆射周顗，並斬於石頭，皆叡朝之望也。於是改易百官及諸州鎮，其餘轉徙黜免者過百數，或朝行暮改，或百日半年。敦所寵沈充、錢鳳等所言必用，所譖必死。敦將還武昌，其長史謝鯤曰：“公不朝，懼天下私議。”敦曰：“君能保無變乎？”對曰：“鯤近入覲，主上側席待公，遲得相見，宮省穆然，必然不虞之慮。公若入朝，鯤請侍從。”敦曰：“正複殺君等數百，何損朝廷！”遂不朝而去。敦召安南將軍甘卓，轉譙王承為軍司，並不從。敦遣從母弟南蠻校尉魏乂率江夏太守李恆攻承於臨湘，旬日城陷，執承送於武昌。敦從弟王廙使賊迎之，害於車中。先是，王敦表疏，言旨不遜，叡以示承曰：“敦言如此，豈有厭哉？”對曰：“陛下不早裁之，難將作矣。”敦惡之。襄陽太守周慮襲殺甘卓。
孫恩再次逃到了海上。起初，三吳之地困於賊寇肆虐作亂，都翹首盼望劉牢之、高素等人的軍隊到來。他們的軍隊來到之後，同樣放肆地搶掠施暴，百姓都大失所望，無不怨恨其荼毒。孫恩逃到海上，其部下又輾轉跟從於他。於是他率眾攻破永嘉、臨海，再次進入山陰。謝琰迎戰身亡。於是建業大為震驚，派冠軍將軍、東海太守桓不才，輔國將軍孫無終，廣陵相高雅之等人向東征討孫恩。吳興太守庾恒懼怕妖黨再次興起，就大行誅戮，殺死男女數千人。孫恩又在餘姚打敗了高雅之，高雅之敗逃回到山陰。司馬元顯在建業自封為後將軍、開府儀同三司、都督十六州，原任的官職全都照舊；授予他的兒子司馬彥章為東海王，食邑吳興四萬餘戶，精心挑選文章博學之士作為臣僚，文武官員的設置如同一個小朝廷。孫恩渡海而來很快就到達京口，擁有戰士十萬人，劉牢之在山陰阻截，眾軍畏懼不敢同他周旋，孫恩於是徑直向建業前進。司馬德宗惶恐驚駭，立即征召豫州刺史司馬尚之。當時建業內外一片驚懼混亂，但司馬元顯卻設置盛大酒宴，司馬道子則隻是每天在鍾山祈禱神明。孫恩之眾漸漸逼近，城中百姓驚恐萬分。司馬尚之率領精銳騎兵迅速趕到，直接屯兵在積弩堂。孫恩當時碰到逆風，不能快速行進，走了幾天才到達白石。孫恩原以為司馬氏諸軍分散，想要乘其不備進行偷襲，但他聽說司馬尚之還在建業，又聽說劉牢之的軍隊沒有退走，不敢上前攻擊，就向鬱州方向前進。孫恩的別帥盧循攻陷廣陵，大肆擄掠而去。

叡畏迫於敦，居常憂戚，發病而死。子紹僭立，改年日太寧。
桓玄聽說孫恩部眾逼近建業，就在軍前樹起大旗，采取措施嚴密防備，一麵給朝廷上表請求發兵征討。當時孫恩離建業並不遠，桓玄請戰的表章又送到了，司馬元顯等人大為驚懼，急忙派人去製止桓玄。庾楷暗地裏差遣使者私自與元顯勾結，說桓玄已經大失人心，部下都不願替他賣力，如果朝廷派兵征伐桓玄，自己願意充當內應。司馬元顯見到庾楷的書信大喜，就派張法順前往與劉牢之謀劃，劉牢之答應這樣做。於是司馬元顯就征集兵馬，裝配艦船，準備向西征討桓玄。司馬德宗改年號為元興(402)，任命司馬元顯為大都督，率兵征討桓玄。及至桓玄軍到，司馬元顯不戰而敗，父子二人都被桓玄所殺。司馬德宗旋即又改年號為大亨。

王敦將纂，諷紹征己。乃為書曰：“孤子紹頓首。天下事大，紹以眇身，弗克負荷，哀憂孔疚，如臨於穀，實賴塚宰，以濟艱難。公邁德樹勳，遐邇歸懷，任社稷之托，居總己之統，然道裏長遠，江川阻深，動有介石之機，而回旋之間，固以有所喪矣。謂公宜入輔朝政，得旦夕詶諮，朝士亦僉以為然。以公高亮忠肅，至心憂國，苟其宜然，便當以至公處之，期於靜國寧民，要之括囊無咎。伏想暗同此誌，願便速克近期，以副堯企之懷。”紹恭憚於敦若此。複使兼太常應詹拜敦承相、武昌郡公，奏事不名，入朝不趨，劍履上殿。敦於是屯於蕪湖。敦乃轉王導為司徒，自領揚州刺史，以兄含子應為武衛將軍，以自副貳。敦無子，養應為後。敦疾逾年，故召含還，欲屬以後事。是時敦令紹宿衛之兵三番休二。紹密欲襲敦，微行察敦營壘。及敦疾，紹屢遣大臣訊問起居，遷含驃騎大將軍、儀同三司。
魏天興六年(403)，司馬德宗派遣使者來朝朝貢。

敦疾甚，紹召其司徒王導、中書監庚亮、丹陽尹溫嶠、尚書卞壺密謀討之。導、嶠及右將軍卞敦共據石頭，光祿勳應詹都督朱雀桁南諸軍事，尚書令郗鑒都督從駕諸軍事，紹出次於中堂。敦聞兵起，怒，欲自將，困不能坐。召其黨錢鳳、鄧嶽、周撫等率眾三萬指造建業。含謂敦曰：“北事吾便當行。”於是以含為元帥。鳳等問敦曰：“事克之日，天子雲何？”敦曰：“尚未南郊，何為天子！便盡卿兵勢，唯保護東海王及裴妃而已。”初，紹謂敦已死，故敢發兵。及下詔數日，敦猶能與王導書，後自手筆曰：“太真別來幾日，作如此事！”太真，溫嶠字也，紹朝見之，鹹共駭懼。含等兵至，溫嶠輒燒朱雀桁以挫其鋒。紹使中軍司馬曹渾、左衛參軍陳嵩、段匹磾弟禿率壯士千人逆含等，戰於江寧，斬其前鋒將何康，殺數百人。敦聞康死，軍不獲濟，怒曰：“我兄老婢耳！門戶衰微，群從中才兼文武者皆早死，今年事去矣。”語參軍呂寶曰：“我當力行。”因作勢而起，困乏，乃複臥。使術士郭璞筮之，卦成，對曰：“不能佳。”敦既疑璞勸亮、嶠等舉事，又聞卦惡，於是殺璞。
司馬德宗封桓玄為楚王，桓玄不久就脅迫司馬德宗親自寫下詔書禪位。司馬德宗出居永安宮。桓玄受禪即位之後，封司馬德宗為南康平固縣王，令他居住在尋陽。天賜元年(404)，司馬德宗在姑熟，二月，他到達尋陽。司馬德宗的彭城內史劉裕殺了桓玄的徐州刺史桓..，與劉毅等人發兵討伐桓玄。桓玄失敗逃往尋陽，又裹挾司馬德宗兄弟奔往江陵，接著又到了荊州。荊州別駕王康產、南郡相王騰之迎接司馬德宗進入南郡府舍。桓玄不久被殺。桓玄部將桓振又來襲擊江陵，殺了王康產和王騰之。他還準備殺死司馬德宗，桓玄的揚州刺史、新安王桓謙苦苦勸阻，才沒有下手。

敦疾轉困，語其舅羊鑒及子應曰：“我亡後，應便即位，先立朝廷百官，然後營葬。”初敦敗叡之後，夢白犬自天而下，噬之。及疾甚，見刁協、甘卓為崇，遂死。王應秘不發喪，裹屍以席，埋於齋中，與其將諸葛瑤等縱酒淫逸。沈充將萬餘人來會含等。充臨行，顧謂其妻曰：“男兒不建豹尾，不能歸也。”紹平西將軍祖約率眾至於淮南，逐敦所置淮南太守任台。紹將劉遐、蘇峻濟自滿洲，含相率渡兵，應詹逆擊，大破之。周撫斬錢鳳，沈充將吳儒斬充。紹遣禦史劉彝發敦瘞，斬屍，梟首朱雀桁。
當時孫恩的舊部盧循捉拿了司馬德宗的廣州刺史吳隱之，自號平南將軍、廣州刺史，令他的同黨徐道覆占據始興，其餘各郡都安排他的親信黨羽把持。

紹死，子衍僭立，號年曰鹹和。
司馬德宗在江陵再次即位，改年號為義熙(405)。尚書陶夔前往迎接司馬德宗，到達板橋的時候，突然刮起大風，龍舟沉沒在水裏，死亡十餘人。司馬德宗從江陵出發到了尋陽，他的益州刺史毛璩、參軍譙縱反叛，進攻涪城，並占領了它，於是就憑借益州反叛司馬德宗。司馬德宗又從姑熟出發，回到了建業。這一年六月，太祖派軍攻擊司馬德宗所屬巨鹿太守賀申，賀申舉城投降。

衍曆陽太守蘇峻不順於衍，衍護軍庾亮曰：“蘇峻豺狼，終為禍亂，晁錯所謂削之亦反，不削亦反，削之反速而禍小，不削反遲而禍大。”乃以大司農征之，令峻弟逸領峻部曲。征書至，峻怒曰：“庚亮專擅，欲誘殺我也。”阜陵令匡術、樂安人任讓並為峻謀主，勸峻誅亮。乃使使推崇祖約，共討亮，約大喜。於是約命兄逖子沛國內使渙、女婿淮南太守許柳將兵會峻。峻使其黨韓光，光名犯恭宗廟諱，入姑熟，殺於湖令陶馥，殘掠而還。衍假庾亮節為征討都督，使其右衛將軍趙胤、右將軍司馬流率眾次於慈湖。韓光晨襲流，殺之。衍以其驍騎將軍鍾雅為前鋒監軍，假節，率舟軍拒峻。宣城內史桓彝統吏士次於蕪湖，韓光敗之，大掠宣城諸縣而還。江州刺史溫嶠使督護王愆期、西陽太守鄧岱、鄱陽太守紀睦等以舟軍赴於建業。衍期，岱次直瀆，峻督眾二萬濟自橫江，登牛渚山。愆期等邀擊不製。峻至於蔣山，衍假領軍卞壺節，率諸將陳兵。衍之將怯兵弱，為峻所敗，卞壺及其二子、丹陽尹羊曼、黃門侍郎周導、廬江太守陶瞻、散騎侍郎任台等皆死，死者三千餘人。庾亮兵敗，與三弟奔於柴桑。峻遂焚衍宮，君賊突掠，百僚奔散，唯有米數石而已，無以自供。峻逼衍大赦，庾亮兄弟不在赦限。峻以祖約為太尉、尚書令，加侍中，自為驃騎將軍、領軍將軍、錄尚書事。於是建業荒毀，奔投吳會者十八九。
永興二年(410)，盧循又在嶺南東山再起，在石城殺了司馬德宗所屬江州刺史何無忌。眾人都想讓司馬德宗向北出走，後來得知盧循並沒有到來，才安定下來。劉裕令撫軍劉毅率兵討伐盧循，被盧循在桑落洲打敗，棄馬步行而還。劉裕的親信孟昶、諸葛長民等人勸劉裕擁司馬德宗過長江，劉裕不聽。

溫嶠聞之，移告征鎮州郡。庾亮至盆口，嶠分兵配給。又招衍荊州刺史陶侃欲共討峻。侃不從，曰：“吾疆場外將，本非顧命大臣，今日之事，所不敢當。”時侃子為峻所害，峻複喻侃曰：“蘇峻遂得誌，四海雖廣，公寧有容足地乎？賢子越騎酷沒，天下為公痛心，況慈父之情哉！”侃乃許之。
神瑞二年(415)，司馬德宗派廣武將軍玄文、石齊前來朝貢。泰常初年(416)，劉裕發兵征討姚泓。二年，太宗派長孫道生、娥清在石河打敗劉裕的部將朱超石，生擒騎將楊豐，斬首一千七百餘級。

蘇峻屯於於湖。衍母庾氏憂怖而死。蘇峻聞兵起，自姑孰還建業，屯於石頭。使其黨張瑾、管商率眾拒諸軍，逼遷衍於石頭”衍哀泣升車，宮人盡哭，隨從衍者，莫不流涕。峻以倉屋為宮，使鄉人許方為司馬，督將兵守衛。陶侃、庚亮、溫嶠率舟軍二萬至於石頭，俄引還，次於蔡洲沙門浦。庾亮守白石壘，詰朝，峻將萬餘人攻之。亮等逆擊，峻退。吳國內史庾冰率三吳之眾驟戰，不勝。瑾、商等破庾冰前軍於無錫，焚掠肆意。韓光攻宣城內史桓彝，彝率吏民力戰不勝，為光所殺。祖約為潁川人陳光率其屬攻之，約乃奔於曆陽。長樂人賈寧勸峻殺王導，盡誅諸大臣，峻不從，乃改計叛峻。王導使袁耽潛誘納之，謀奉衍出奔溫嶠。
泰常三年(418)，司馬德宗去世，其弟司馬德文繼位。泰常四年(419)，將其年號改稱元熙五年，司馬德文禪位給劉裕，劉裕封司馬德文為零陵王。司馬德文的皇後河南褚氏，她的哥哥褚季之、弟弟褚淡之雖說是司馬德文的姻親，但他們都隻為劉裕盡心盡力。司馬德文隻要生了男孩，他們就令人找機會殺掉。或者誘使宮內的人，暗地裏加以毒害，前後害死的孩子不止一個。及至司馬德文被劉裕廢除皇帝之位，囚禁在秣陵宮內，他經常害怕遭到他們殺害，雖然和褚氏共居在一間房屋內，但他因害怕他們在食物裏放了毒藥，就自己在前麵煮食。泰常六年(421)，劉裕打算殺掉司馬德文，又不想派人去到宮內，就叫褚談之兄弟去探視褚氏，等她出來去到別宮，派去的兵士就越牆而入，進上毒藥給司馬德文。德文不肯飲服毒藥，說：“佛教教規有言，自殺的人來生不再轉為人身。”於是就用被子把他悶死。

嶠食盡，貸於陶侃。侃怒曰：“使君前雲不憂無士眾及糧食也，唯欲得老民為主耳。今比戰皆北，良將安在？今若無食，民便欲西歸。”先是嶠慮侃不赴，故以甘言招侃。嶠乃卑辭謝之，且曰：“今者，騎虎之勢可得下乎？賊垂滅，願公留思。”侃怒少止。其將李陽說曰：“今事若不捷，雖有粟，焉得而食之。公宜割見儲，以卒大事。”乃以米五萬石供軍。
自從司馬睿在江南即位以來，直到司馬德文被殺死，國君勢弱而權臣勢強，不能牽製約束，一切賞罰號令，都出於權貴寵臣，國家的危亡，君主的廢奪，各種動亂事故相繼發生，這就是人們所說的夷狄之有君主，不如諸侯之亡國的道理。

祖渙襲湓口，欲以沮溫嶠之兵。渙過皖，攻譙國內史桓雲，不克，乃還。蘇峻並兵攻大業，大業水竭，皆飲糞汁。諸將謀救之，慮不能當，且欲水陸攻峻。陶侃以舟師攻石頭，溫嶠、庾亮陳於白石。峻子碩以數十騎出戰，峻見碩騎，乃舍其眾，自以四馬北下突陳，陳堅乃還。軍士彭世、李千投之以矛，峻墜馬，遂梟首，臠割之，焚其骸骨。任讓及諸賊帥複立峻弟逸，救峻屍弗獲，乃發衍父母塚，剖棺焚屍。匡術率其徒據苑城以降，韓光、蘇碩等率眾攻苑，苑中饑，穀石四萬。諸將攻石頭。蘇碩及章武王世子休率勁賊孔盧、張偏等數十人擊李陽於且浦，退走，碩等追之，庾冰司馬滕含以銳卒自後擊之，碩、逸等震潰，奔於曲阿。含入抱衍，始得出奔溫嶠之舟。